Detalhe da pesquisa
1.
Deriving confidence intervals for mutation rates across a wide range of evolutionary distances using FracMinHash.
Genome Res;
33(7): 1061-1068, 2023 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37344105
2.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges.
Nat Methods;
19(4): 429-440, 2022 04.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35396482
3.
YACHT: an ANI-based statistical test to detect microbial presence/absence in a metagenomic sample.
Bioinformatics;
40(2)2024 02 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-38268451
4.
Finding phylogeny-aware and biologically meaningful averages of metagenomic samples: L2UniFrac.
Bioinformatics;
39(39 Suppl 1): i57-i65, 2023 06 30.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-37387190
5.
ARAX: a graph-based modular reasoning tool for translational biomedicine.
Bioinformatics;
39(3)2023 03 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36752514
6.
CMash: fast, multi-resolution estimation of k-mer-based Jaccard and containment indices.
Bioinformatics;
38(Suppl 1): i28-i35, 2022 06 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35758788
7.
The minimizer Jaccard estimator is biased and inconsistent.
Bioinformatics;
38(Suppl 1): i169-i176, 2022 06 24.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-35758786
8.
RTX-KG2: a system for building a semantically standardized knowledge graph for translational biomedicine.
BMC Bioinformatics;
23(1): 400, 2022 Sep 29.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-36175836
9.
Correction to: Improving the usability and comprehensiveness of microbial databases.
BMC Biol;
18(1): 92, 2020 07 28.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32723395
10.
Improving the usability and comprehensiveness of microbial databases.
BMC Biol;
18(1): 37, 2020 04 07.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-32264902
11.
Critical Assessment of Metagenome Interpretation-a benchmark of metagenomics software.
Nat Methods;
14(11): 1063-1071, 2017 Nov.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-28967888
12.
MiCoP: microbial community profiling method for detecting viral and fungal organisms in metagenomic samples.
BMC Genomics;
20(Suppl 5): 423, 2019 Jun 06.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-31167634
13.
IndeCut evaluates performance of network motif discovery algorithms.
Bioinformatics;
34(9): 1514-1521, 2018 05 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29236975
14.
Exact probabilities for the indeterminacy of complex networks as perceived through press perturbations.
J Math Biol;
76(4): 877-909, 2018 03.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-28735343
15.
EMDUniFrac: exact linear time computation of the UniFrac metric and identification of differentially abundant organisms.
J Math Biol;
77(4): 935-949, 2018 10.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-29691633
16.
Striped UniFrac: enabling microbiome analysis at unprecedented scale.
Nat Methods;
15(11): 847-848, 2018 11.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-30377368
17.
SEK: sparsity exploiting k-mer-based estimation of bacterial community composition.
Bioinformatics;
30(17): 2423-31, 2014 Sep 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-24812337
18.
Coding sequence density estimation via topological pressure.
J Math Biol;
70(1-2): 45-69, 2015 Jan.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-24448658
19.
Quikr: a method for rapid reconstruction of bacterial communities via compressive sensing.
Bioinformatics;
29(17): 2096-102, 2013 Sep 01.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-23786768
20.
MetagenomicKG: a knowledge graph for metagenomic applications.
bioRxiv;
2024 Mar 15.
Artigo
em Inglês
| MEDLINE
| ID: mdl-38559251